Isto ocorre pois a reescrita de url em sua hospedagem está desativada.
Para contornar este problema, acesse o arquivo abaixo pelo gerenciador de arquivos ou FTP: application/config/config.php
Baixe o arquivo para seu computador, abra-o no bloco de notas e onde está:
$config[‘index_page’] = ”;
Coloque:
$config[‘index_page’] = ‘index.php’;
Salve e mande de volta para sua hospedagem.
Acesse seu site e veja se as páginas estão acessando,